Biovision verpflichtet sich zu professionellem Projektmanagement und sichert über ein internes Projektmanagementsystem, dass die Ressourcen sorgfältig eingesetzt werden. Biovision betraut lokale Partnerorganisationen mit der Ausführung der Basisprojekte in Afrika. Diese werden gemeinsam ausgearbeitet, vorbereitet, durchgeführt und schrittweise an die Begünstigten übergeben. In diesem Prozess werden sie von den Programm- und Projektverantwortlichen begleitet. Die Berichterstattung und Kontrolle der Aktivitäten wird über ein detailliertes Management- und Evaluationssystem gewährleistet.

Die Finanzen unterliegen einem strikten internen und externen Controlling. Die von Biovision unterstützten Projekte werden auch durch externe Evaluationen überprüft und ausgewertet.